O início do projeto do FK Krasnodar fica ligado a Sergey Galitsky, Presidente e fundador do clube. O empresário russo, que fez fortuna no setor dos hipermercados (dono da Magnit), é um dos homens mais poderosos da Rússia, com uma fortuna avaliada em mais de três mil milhões de euros.
Além destes negócios, este homem natural de Sochi também decidiu fundar um clube de futebol na cidade de Kuban, onde reside. Tudo começou no início de 2008, sendo que a 22 de fevereiro do mesmo ano – considerada a data de aniversário do clube -, o clube obteve a licença para participar nas competições profissionais do futebol russo.
E assim começou a história de uma rápida e sustentada ascensão no futebol russo...
Formada a equipa, escolhido o estádio (Trud Stadium, com três mil lugares) e contratado o treinador (Vladimir Volchek), os bulls começaram por jogar a III Divisão russa. O primeiro encontro oficial da história do emblema de Kuban foi um empate (0x0) na visita ao FC Nika Krasny Sulin.
Depois de um 10º (2009) e um 5º lugar (2010), eis mais uma promoção… por via administrativa. Os problemas financeiros fizeram com que FC Saturn, FC Nizhny e Kamaz se recusassem a participar na I Divisão. A 25 de janeiro de 2011, o Comité da Premier League Russa convidou o FK Krasnodar a subir ao escalão máximo, convite que foi aceite.
Assim, com menos de três anos de história, o FK Krasnodar chegava ao principal campeonato de futebol da Rússia. A época de estreia correu de feição e foi conquistado o nono lugar: o FK Krasnodar não perdeu com o CSKA Moscow (campeão em título) e deu início aos dérbis extra-Moscovo, com o rival Kuban Krasnodar.
A temporada 2012/13 trouxe um 10º lugar e a saída de Muslin, algo que marcou um novo e mais ambicioso capítulo do clube. O bielorrusso Oleg Kononov assumiu o leme e, já com a estabilidade desportiva desejada, Galitsky abriu os cordões à bolsa para contratar Andreas Granqvist (ex-Genoa) e Ari (ex-Spartak Moskva).
A aposta foi acertada. A nova época trouxe um quinto lugar, com consequente apuramento para a Liga Europa, e uma final perdida da Taça da Rússia (0x0, 5x6 nos penáltis frente ao FK Rostov).
Ainda em 2013, uma nova casa começou a ser edificada: o FK Krasnodar Stadium, uma obra de 200 milhões de euros. A vontade de ter uma equipa principal constituída por jogadores formados localmente também levou Sergey Galitsky a abrir o FK Krasnodar-2 (Reservas), que começou a competir na III Divisão.
No meio desta ascensão, o clube mudou-se para o novo FK Krasnodar Stadium (2016) e Igor Shalimov sucedeu a Oleg Kononov, mas começou mal ao falhar o acesso à Fase de Grupos da Liga Europa (2017/18). O ‘novo’ técnico não terminou a época e Murad Musaev deixou os juniores para assumir a equipa principal. Resultado: novo quarto lugar e novo apuramento europeu.
Em 2018/19, o jovem técnico conseguiu igualar a melhor prestação de sempre na Liga Russa (3º lugar) e na Liga Europa (oitavos de final, eliminado pelo Valencia). Em 2019/20, fruto do seu crescimento sustentado, o FK Krasnodar vai disputar o acesso à Liga dos Campeões.
Este grande passo fez com que o elenco tivesse de ser reforçado e Sergey Galitsky compreendeu isso, fazendo chegar Tonny Vilhena (ex-Feyenoord), Marcus Berg (ex-Al Ain) e Rémy Cabella (ex-Saint-Étienne), que se juntaram a Ari e Viktor Claesson.
Paralelamente, a aposta na formação continua a sua uma das principais bandeiras. O FK Krasnodar-2 subiu à II Divisão e Sergey Galitsky abriu o FK Krasnodar-3 (equipa C), bem como mais de 20 academias de futebol espalhadas pelas regiões de Krasnodar Krai e Adygea.
Nos últimos anos, o Krasnodar é já uma presença assídua nas provas europeias e tem vindo a tentar disputar os principais títulos a nível interno, embora o melhor que tenha conseguido seja um 3º lugar no campeonato russo em 2019/20.