Em 1908, o grupo nacionalista que se autointitulava de Jovens Turcos iniciou um processo que alteraria radicalmente a situação política no país. O seu objetivo era reformar o Império, dar-lhe uma nova constituição e reforçar o caráter turco do Império, até então plurinacional.
Com o triunfo da Revolução, dois membros dos Jovens Turcos, Fuat Balkan e Mazhar Kazanci, regressaram de Edirne, onde estavam colocados e procuram os jovens para praticar esgrima e ginástica.
Fuat Balkan disponibilizou o espaço por baixo da sua casa, em Ihlamur, para esta se transformar na sede do clube, que entretanto mudou o nome para Beşiktaş Ottoman Gymnastics Club, que segundo a vontade dos seus fundadores devia dedicar-se à ginástica, à luta, boxe, esgrima e atletismo.
A 13 de janeiro de 1910, o Beşiktaş Ottoman Gymnastics Club tornou-se no primeiro clube desportivo registado no país, por sugestão do governador local.
O novo clube rapidamente conquistou o interesse da juventude local, chegando aos 150 atletas em pouco tempo. A sede mudou-se para Akaretler e nas suas traseiras surgiu o primeiro campo desportivo propriedade do clube.
Durante esse período, dois clubes de futebol tinham nascido em Beşiktaş, o Valideçeşme e o Basiret. Em 1911, os dois clubes fundiram-se e juntaram-se ao Beşiktaş Ottoman Gymnastics Club, tornando-se na secção de futebol do clube, que equipava de preto e branco.
Primeiras vitórias
Na segunda década do século XX, o futebol tornava-se no principal desporto do Império Otomano, conquistando novos adeptos. Por desacordo com os outros clubes, o Besiktas não participou nem na Liga de Domingo, nem na Liga de Sexta-Feira, participando apenas em provas já depois da Primeira Guerra Mundial começar.
Em 1918, e novamente em 1921, venceu a Primeira Liga de Desportos de Constantinopla, e em 1924 juntou-se ao Galatasaray, Fenerbahçe e restantes clubes da cidade que entretanto passara a ser oficialmente conhecida como Istambul. Nascia a Istanbul Lig e o Besiktas venceria a prova no ano de estreia.
Durante os anos seguintes, o clube viveu à sombra dos rivais Galatasaray e Fenerbahçe, só voltando a ganhar a liga em 1934.
A era dourada
Desde que o futebol chegara à Turquia que não existia nenhuma prova de dimensão nacional. Além das Ligas Istambul, tinham nascido provas similares em Ancara, Esmirna, Eskisehir, Kayseri, Adana e Trebizonda.
Em 1937, nasceu a Mille Küme, uma prova nacional que juntou representantes de Istambul, Esmirna e Ancara. Vice-campeão na segunda edição, o Besiktas foi campeão em 1941, 1944 e 1947, enquanto continuava a apostar verdadeiramente na Liga de Istambul.
O sucesso na Liga cidade do Bósforo sorriria às águias pretas e brancas durante cinco épocas consecutivas entre 1939 e 1943, vencendo ainda a prova em 1945 e 1946, garantindo sete ligas em oito épocas.
Voltaria a vencer a prova por quatro vezes em cinco anos, entre 1950 e 1954, assumindo a condição de «papa-taças», conquistando um impressionante número de onze ligas locais entre 1939 e 1954. Seria precisamente em 1954 que o Besiktas conquistou a sua 13.ª Liga de Istambul, feito que curiosamente o Fenerbahçe conseguira na época anterior e o Galatasaray no ano seguinte.
Na sombra dos rivais
Depois de ter dominado o futebol em Istambul durante a década de 40 e a primeira metade de 50, o Besiktas teve de voltar a viver à sombra dos dois grandes rivais.
Até ao final da competição (1959) nunca mais venceria a Liga de Istambul. Entretanto, graças ao desinteresse dos grandes clubes, a Mille Küme chegara ao fim em 1950. Uma nova liga nacional só nasceria em 1959, com o Fenerbahçe a vencer a primeira edição. Na segunda época, os pretos e brancos venceram a prova pela primeira vez, feito que repetiriam em 1966 e 1967. Durante dez épocas, o Besiktas terminou sempre num dos três lugares do pódio, mas entre 1970 e 1981, apenas por uma vez (1974) a equipa terminou no pódio da prova (2.º).
Renascimento
O fim desse período negro chegaria em 1981/82, com a conquista do quarto título de campeão. Três anos depois, a equipa iniciou um novo período de sucesso, conquistando quatro títulos e terminando cinco vezes no segundo lugar durante um período de nove anos que durou até 1993, onde se destaca o tricampeonato (90-92) sob a orientação do inglês Gordon Milne.
O alemão Christoph Daum lideraria o clube à conquista da Taça em 1994 e da Liga no ano seguinte, mudando-se depois para a sua Alemanha natal, onde orientou com sucesso o Bayer Leverkusen. O carismático treinador alemão regressaria ao clube, sem sucesso, em 2001/02, depois de se ter envolvido numa polémica após assumir o consumo de cocaína, o que lhe custou o lugar de treinador da seleção nacional alemã.
O romeno Mircea Lucescu, campeão pelo Galatasaray em 2002, trocou Galáta por Besiktas, conquistando o título de campeão pelas águias pretas e brancas.
Novo título de campeão - o décimo terceiro - só seria conseguido em 2009, enquanto durante o mesmo período na Taça a equipa viveu uma época de sucesso, conquistando quatro dos nove troféus até aí conquistados (2006, 2007, 2009 e 2011).
Chegada e regresso de Ricardo Quaresma
É impossível dissociar a história recente do Besiktas e Ricardo Quaresma. A chegada (apoteótica) do internacional português reforçou a vontade dos homens de Istambul em manterem-se na senda dos títulos. Contudo, tal não foi possível (apenas uma Taça da Turquia) e o Harry Potter rumou a outras paragens.
Em 2015/16, Quaresma regressou às Águias Negras e trouxe com ele um bicampeonato tão desejado. Contudo, 2019/20 trouxe a segunda saída do extremo, que se mudou para o Kasimpasa.
Quanto às contas do título, a luta entre Besiktas, Fenerbahçe e Galatasaray mantém-se muito equilibrada, com algumas surpresas pelo meio, como o Basaksehir, em 2019/20.
No ano seguinte, contudo, o Besiktas regressaria às conquistas e à glória na Turquia. Com Sergen Yalçin no comando, Besiktas travou uma intensa luta com Fenerbahçe e Galatasaray até à última jornada e acabou a ser campeão, o seu 14º título da história, devido ao confronto direto com o Gala (terminaram os dois com 84 pontos e o Fenerbahçe com 82). Além disso, as águias turcas fizeram a dobradinha e conquistaram a Taça, ao bater o Antalyaspor por 0x2 na final.